世界范围内一致的化石顺序似乎表明了进化
早期的运河建设者和地质学家对嵌入各种岩层中的化石进行了系统的观察。他们发现，其中一些化石的出现有一个一致的顺序。这种顺序表明了这些化石物种的相对年龄，因为较年轻的沉积物总是沉积在较老的、现有的沉积物之上。
地理分布广泛但在岩石中出现时间较短的化石被称为 “索引化石”，因为它们有助于确定它们所处岩石的相对年龄。
也许随着时间的推移，上帝奇迹般地创造了一个又一个的物种，也许在过去的5亿年里，每10年就有一个新创物种出现，因为以前的物种已经灭绝了。 然而，科学寻求用规律性的物理法则来理解自然现象，而不是假设源源不断的神迹出现。如果一个物种可以通过自然手段发展（进化）成不同的物种，这就可以解释历代出现的这么多新物种，而没有必要假定无休止的特殊干预。
达尔文在1859年发表的进化论，提供了一个机制来解释已经观察到的岩石中的动物演替。他提出，与提高生存和繁殖成功率有关的可遗传变异，可以随着时间的推移促进种群的变化，足以最终形成一个新的物种。
在化石记录中，一个特定的物种往往与之前和之后的物种非常相似，这一事实加强了进化论的理由。正如达尔文所承认的，已知的化石记录并没有提供物种之间每一个过渡的完整画面。对于小的进化步骤，如从一个物种到下一个物种，通常没有发现过渡形式。然而，通常有一些已知的中间形式，它们在大的系统发育组（如目和类）之间架起桥梁。例如，一些具有两栖动物特征的鱼类化石和具有鱼类特征的两栖动物化石已被发现，其时间大约是在鱼类向两栖动物过渡的时候。在爬行动物向哺乳动物过渡的过程中，也存在一系列很有说服力的中间化石。关于过渡性化石的更多信息，请参见《过渡性化石的现实期望》（ Realistic Expectations for Transitional Fossils）。《达尔文的怀疑》（ Darwin’s_Doubt）中讨论了 “寒武纪大爆发”，许多动物门类首次出现在这里。
逆冲断层（Thrust Faulting）和 “失序 “岩层
( 请读者注意。如果你不是一个科学迷，可以跳过这里和本文下面关于 “逆冲断层”的冗长技术讨论。)
地壳的某些部分经历了大规模的拉伸，这可能导致地壳板块的破裂，并在缝隙中形成新的海洋（如大西洋）。地壳的其他部分经历了巨大的压缩。这通常会导致岩层的折叠，以及将一组岩石推到另一组岩石之上的组合。这种折叠和推力的结合是将山脉推到空中数英里的原因。
断层是大体积岩石中发生了相对运动的平面断裂。众所周知，断层系统可长达数百英里（例如，加利福尼亚的圣安德烈亚斯断层）。与推力有关的断层类型被称为逆冲断层。在断层的中间，通常有一些被磨碎的岩石，称为断层(脉壁)泥（gouge），它可以作为润滑剂促进断层的运动。这种脉壁泥层往往薄得令人吃惊。 《地球故事》指出：”泥层的厚度，即断层运动中间部分的厚度，对于断层本身的重要性没有什么意义。一些非常薄的断层带能够在巨大的距离上移动岩石：具有几十公里位移的逆冲断层有时只有厘米级的脉壁泥区；整个构造板块可以在一个有时不到一米厚的区域上移动。” 今天暴露在地表的许多断层最初发生在地表下的深处，那里可能存在高压水，为运动提供了进一步的润滑作用。
逆冲断层广泛存在于山脉中，包括阿巴拉契亚山脉和阿尔卑斯山脉，而且目前全世界有许多活跃的（移动的、可测量的）逆冲断层。例如，印度地壳板块在现在欧亚板块的西藏高原下，以1500英里长的弧线推挤了数百英里，并继续以每年几英寸的速度向北移动。随着这两个板块的碰撞，喜马拉雅山通过折叠和推挤，每年可测量地增高约2英寸（5厘米）。最近发生在尼泊尔的悲惨地震就是这种地壳压缩和逆冲断层的结果。下图显示，喜马拉雅山的逆冲断层（”MBT”，MCT”）的规模达到数百英里的位移（50公里=36英里）。
有一条逆冲断层带沿着落基山脉延伸，从加拿大到墨西哥。下面将会讲到，这种地质学在神创论的历史上起到了关键作用。哈蒙-D-马赫（Harmon D. Maher）关于逆冲断层的大学讲座在线文件中包括这样一张信息图表，显示了蒙大拿逆冲断层系统的复杂性质。
地球的历史是一种幻觉吗？
年龄的外观 “假说
菲利普-亨利-高斯（Philip Henry Gosse）在其1857年出版的《Omphalos》一书中试图维持创世纪的字面意思，同时承认岩石中存在的年龄证据。他在书中认为，上帝要创造一个有功能的世界，这个世界上的元素必须看起来像已经存在了一段时间。亚当和夏娃会有头发、指甲和肚脐（omphalos是希腊语中的 “肚脐”），地球表面会有山脉和山谷。今天的年轻地球创造论者援引这个年龄外观的概念来解释我们可以看到数百万光年外的星星的事实。上帝在创世纪第四天，即6000年前，立即创造了遥远的星星和所有的星光。
这种年龄外观的概念起初看来似乎是一种整洁的方式，可以回避创世纪和科学之间所有看似冲突的问题。然而，这种方法从未被广泛接受。一个问题是，对岩石和恒星的观察显示的不仅仅是外观古老的物体，而是整个详细的、环环相扣的事件历史，可以追溯到数十亿年前的大爆炸。褶皱、变质的阿巴拉契亚山脉的地质看起来就像一座巨大的山脉被推上去，并在数百万年的时间里慢慢侵蚀下来；化石记录显示了过去5亿年里物种的连续，就像它们通过进化发展起来一样。人类的基因组包含许多大块的DNA，看起来好像是在几百万年前被病毒注入的；黑猩猩与我们共享一些相同的逆转录病毒序列，这使得人类和黑猩猩看起来好像有一个共同的祖先。这就好像亚当被创造出来时，不仅有肚脐眼，而且有充满活动的童年记忆，并有与这些虚假记忆相匹配的伤疤和文物。
此外，这里的欺骗必须远远超过最初创造的 “一周”。上帝还必须抹去吞噬世界的大洪水的所有痕迹，这场大洪水杀死了除8个人类和大多数陆地物种之外的所有生物，并摧毁了地壳。这种全球性的掩饰需要重新加工所有的地表岩层，以消除大洪水的痕迹，重新调整人类基因组，使其看起来好像人类没有经历过如此严重的人口瓶颈；将一群有袋类哺乳动物运到澳大利亚，使其看起来好像它们是在那块孤立的大陆上进化的，等等。这使上帝成为宇宙范围内欺骗行为的制造者，使我们不知道什么是真实的。也许整个宇宙，包括我们划线的《圣经》，以及带着伤痕和对从未真正发生过的事情存有记忆的我们，就在上周四被创造出来–以明显的年龄观点来看，你无法判断。拉比-纳坦-斯利夫金（Rabbi Natan Slifkin）在《创造的挑战》（Challenge of Creation）中这样评论了这种方法：
上帝本质上创造了两个相互矛盾的创造叙事：一个在自然界，一个在《圣经》中。但是，如何确定哪个是真正的故事，哪个是为了误导我们而设计的假故事？人们同样可以提出，自然界才是真正的故事，而《妥拉》是上帝设计的，用假的历史来考验我们!如果宗教要发挥作用，人们必须能够依靠上帝的真实性。
上帝在大自然中的自我启示
表观年龄假说（成熟创造论）的另一个缺点是，“岩层是一个巨大的骗局”与支撑科学在基督教欧洲崛起的思想相悖。最早的现代科学家大多是虔诚的有神论者，他们认为研究上帝的创造物就是学习上帝的道。 他们相信，上帝通过他的作品之书以及他的话语之书（即《圣经》）来启示自己。因此，先驱天文学家约翰内斯-开普勒（Johannes Kepler）写道，上帝 “希望从自然之书中被认识”，在研究物理世界时，”我们在某种程度上观察到了创造者的善良和智慧”。
这种对上帝在自然界中的自我启示的理解来自于《旧约》和《新约》，正如《圣经自然神学概览》中所讨论的。造物主的能力和技巧从宇宙的大小和复杂性中显而易见；其他神圣的方面，如正义，不一定在自然界中显示。诗篇作者宣称
诸天述说神的荣耀；
穹苍传扬他的手段。
这日到那日发出言语；
这夜到那夜传出知识。
无言无语，也无声音可听。
他的量带通遍天下，他的言语传到地极。……
《诗篇》19:1-6 )
定义了现代科学方法的弗朗西斯-培根描述了这种两本书的方法。”有两本书摆在我们面前，供我们研究，以防止我们陷入错误；首先是揭示上帝意志的《圣经》；然后是彰显上帝大能的《造物》。” 培根在《学习的进步》（The Advancement of Learning (1605)）中写道：
任何人……都不要认为一个人可以在上帝的话语之书或上帝的造物之书、在神学或哲学方面 走得太远或研究得太深，或要求一个人单单在某个方面深入；要让人们在这两方面都不断努力取得进步或精通；只是要提醒人们注意，他们要把这两方面的知识用于慈善，而不是用于自我膨胀；用于使用，而不是用于炫耀；而且，他们不要不明智地把这些知识混合或混为一谈。
19世纪初的基督教思想家遵循培根的建议，”不要不明智地将这些学问混为一谈”。因此，当地球年龄的物理证据与他们对圣经的字面解释相矛盾时，他们并没有试图压制或歪曲这些发现。相反，他们意识到他们对《创世纪》的解释可能是不正确的。正如戴维斯-杨所指出的，”由于那个时代的基督教自然主义者不惧怕上帝赐予的证据，他们认识到圣经以外的信息提供了一个绝好的机会，可以对圣经文本进行更仔细的调查，以清除早期解释中的错误。”
Left: Sir Francis Bacon, c. 1617, Right: Portrait of Galileo Galilei by Giusto Sustermans
据推测，他们已经从应对伽利略事件的惨败中学到了一些东西。自从罗马天主教会禁止伽利略关于地球围绕太阳运动的教义以来，才仅仅过了200年。伽利略的发现与《圣经》经文的字面意思相矛盾，如《诗篇》104:5（”将地立在根基上，使地永不动摇”），以及代上16:30, 以赛亚66:1, 传道书 1:5, 约书亚记 10:13. 根据红衣主教罗伯托-贝拉明（Cardinal Roberto Bellarmine，1615年）的说法，”……确认太阳确实固定在天的中心，地球围绕太阳快速旋转是一件危险的事情，不仅刺激了神学家和哲学家，而且伤害了我们的神圣信仰，使圣经变得虚假。” 伽利略并不否认《圣经》的字面教导是地球静止不动；他只是认为我们需要采取非字面的解释，以消除与科学的明显冲突。正如他所说：”《圣经》指明了进入天国的道路，而不是天体的运行”（“The Bible shows the way to go to heaven, not the way the heavens go.”）。
那个时代的新教徒似乎不像天主教徒那样容易以教条为由压制科学发现。教改家约翰-加尔文写道，在《创世纪》的创造叙述中，上帝让故事适应普通人有限的理解力，而不是给出一个科学上的精确描述。 在加尔文看来，以尊重上帝的方式理解恒星和行星的方法是去科学地研究它们，而不是依靠圣经的字面意思来推断。
天文学家费尽心思研究人类智慧所能理解的一切……因为天文学不仅令人愉快，而且了解它是非常有用的：不可否认，这种艺术展现了上帝令人钦佩的智慧。因此，正如那些在这个问题上付出了有益劳动的聪明人应该受到尊敬一样，有闲暇和能力的人也不应该忽视这种锻炼。【创1:6注释】。
在过去的一个世纪里，天主教教廷在应对科学进步方面远远领先于保守的新教徒（《教皇谈创造与进化》）。 然而，即使在伽利略的时代，罗马教会也利用自然观察来帮助解释圣经。红衣主教Bellermine写道，如果地球运动的物理证据足够有力，他愿意考虑对固定地球的经文进行非字面解释。他对伽利略模型的反对意见不仅仅是它危及对《圣经》的传统理解，而是因为它没有得到确凿的证明：
我想说，如果有一个真正的证明，证明太阳在宇宙的中心，太阳不绕着地球转，而是地球绕着太阳转，那么在解释似乎与之相反的经文时就必须谨慎。我们宁可说我们不理解它们，也不能说某些东西是错误的。但我不认为有任何这样的证明，因为没有人给我看。
在当时，证明地球运动的证据在质量上就像今天进化论的证据一样：该理论解释了绝大多数的观察结果，但是还有一些严重的问题没有得到解答。例如，如果地球真的每12个月围绕太阳旋转几百万英里，那么我们在7月和1月对某颗星星的观察角度应该是不同的。16世纪的天文学家们试图寻找这种视差效应，但并没有发现它。当时的大多数科学家都满足于让这种效应得不到解释，因为伽利略的模型从许多其他的观测中得到了合理的解释。由于恒星离地球很远，观察角度的季节性变化非常小，以至于天文学家直到19世纪才使用改进的仪器测量到这样的理论预测结果）。